Os programas para a área de Ciência, Tecnologia e Inovação dos candidatos Jair Bolsonaro (PSL) e Fernando Haddad (PT) apresentam ênfases diferentes no tocante às prioridades e ao papel do Estado e do governo federal. Nos dois planos de governo, há seções específicas para o tema, que aparecem junto com desafios de desenvolvimento econômico e à estruturação do ensino superior.

Jair Bolsonaro condena o que chama de “centralização em Brasília” e propõe o estímulo a polos descentralizados nos quais haveria parceria entre universidades e a iniciativa privada. Enquanto o programa de Haddad defende uma retomada de investimentos públicos em pesquisa, especialmente por meio da Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (Capes) e do Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq).

Em relação à estrutura responsável, os dois candidatos mencionam um ministério específico para a área. Fernando Haddad (PT) fala na recriação do Ministério da Ciência, Tecnologia e Inovação (MCTI), desmembrando o atual MCTIC, criado após a fusão da antiga pasta com a das Comunicações. No programa de Bolsonaro, há uma proposta de cortar o número de ministérios para 15. O documento não traz a listagem de quais seriam estes. Em entrevistas à imprensa, o candidato chegou a mencionar a indicação do astronauta Marcos Pontes para comandar o ministério.