A cada dois anos ocorre a redistribuição das seis áreas de controle do TCE/SE, sendo cada uma delas vinculada a uma Coordenadoria de Controle e Inspeção (CCI) e a um conselheiro, com exceção do presidente. 

 

Nos anos de 2018 e 2019, a 1ª Área, onde estão prefeituras e câmaras como as de Capela, Divina Pastora e Feira Nova, terá à frente o conselheiro Carlos Pinna. A 2ª, que conta com as prefeituras e câmaras de Canindé de São Francisco e Estância, entre outras, será dirigida pela conselheira Angélica Guimarães.

 

Já a conselheira Susana Azevedo irá comandar a 3ª Área, composta, por exemplo, pelas prefeituras e câmaras de Nossa Senhora do Socorro, Carmópolis e São Cristóvão.

 

O conselheiro Carlos Alberto Sobral ficou responsável pela 4ª Área, integrada por órgãos como o Ministério Público, a Polícia Militar e as prefeituras e câmaras da Barra dos Coqueiros e Neópolis; enquanto o conselheiro Luiz Augusto irá dirigir a 5ª Área, composta por unidades administrativas como o Fundo Estadual de Saúde (FES) e a Câmara Municipal de Aracaju, além das diversas secretarias da Prefeitura Municipal de Aracaju.

 

Por fim, a 6ª Área de controle e inspeção, onde estão o Banese, a Secretaria de Estado da Fazenda, as prefeituras e câmaras de Itabaiana e Lagarto, e uma série de outros órgãos, terá à frente o conselheiro Clóvis Barbosa.

 

Cada CCI tem o objetivo de auditar, inspecionar, fiscalizar e examinar as prestações de contas dos órgãos e entidades da administração pública em nível estadual e municipal, além de apurar denúncias. A nova distribuição das Áreas entre os conselheiros consta no Ato Deliberativo Nº. 901, do dia 21 de dezembro de 2017​.​